Fundacijo upravlja svet fundacije. Svet Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 30 članov, in sicer:
1. Državni zbor Republike Slovenije imenuje in razrešuje 28 članov, od tega:
- 16 članov na predlog Nacionalnega sveta invalidskih organizacij Slovenije iz vrst reprezentativnih invalidskih organizacij, ki so vpisane v register ministrstva, pristojnega za invalidsko varstvo,
- enega člana na predlog Rdečega križa Slovenije,
- enega člana na predlog Slovenske Karitas,
- enega člana na predlog Gorske reševalne zveze Slovenije,
- devet članov na predlog humanitarnih organizacij, ki so vpisane v razvid humanitarnih organizacij.
2. Vlada Republike Slovenije imenuje in razrešuje dva člana, od tega:
- enega člana na predlog Ministrstva za delo, družino in socialne zadeve,
- enega člana na predlog Ministrstva za zdravje. Svet Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 15 članov, in sicer:
1. Državni zbor Republike Slovenije imenuje in razrešuje 14 članov, od tega:
- sedem članov na predlog Olimpijskega komiteja Slovenije – Združenja športnih zvez,
- enega člana na predlog Univerze v Ljubljani – Fakultete za šport,
- enega člana na predlog Zavoda za šport RS Planica,
- dva člana na predlog skupnosti ali združenj občin Slovenije,
- tri člane na predlog Strokovnega sveta Vlade Republike Slovenije za šport.
2. Vlada Republike Slovenije na predlog ministrstva, pristojnega za šport, imenuje in razrešuje enega člana. Prvo imenovanje članov sveta fundacij se opravi hkrati s sprejemom akta o ustanovitvi fundacij. Svet fundacije izvoli predsednika izmed svojih članov.