Fundacijo upravlja svet fundacije. Svet Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 30 članov, in sicer:
1. Državni zbor Republike Slovenije imenuje in razrešuje 28 članov, od tega:
- 16 članov na predlog Nacionalnega sveta invalidskih organizacij Slovenije iz vrst reprezentativnih invalidskih organizacij, ki so vpisane v register ministrstva, pristojnega za invalidsko varstvo,
- enega člana na predlog Rdečega križa Slovenije,
- enega člana na predlog Slovenske Karitas,
- enega člana na predlog Gorske reševalne zveze Slovenije,
- devet članov na predlog humanitarnih organizacij, ki so vpisane v razvid humanitarnih organizacij.
2. Vlada Republike Slovenije imenuje in razrešuje dva člana, od tega:
- enega člana na predlog Ministrstva za delo, družino in socialne zadeve,
- enega člana na predlog Ministrstva za zdravje. Svet Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 17 članov, ki jih imenuje in razrešuje Državni zbor Republike Slovenije, in sicer:
- sedem članov na predlog skupščine Olimpijskega komiteja Slovenije – Združenja športnih zvez izmed nacionalnih športnih zvez članic Olimpijskega komiteja Slovenije – Združenja športnih zvez,
- enega člana na predlog Univerze v Ljubljani – Fakultete za šport,
- enega člana na predlog Javnega zavoda za šport RS – Inštituta za šport,
- enega člana na predlog Združenja občin Slovenije,
- enega člana na predlog Skupnosti občin Slovenije,
- šest članov na predlog Strokovnega sveta Vlade Republike Slovenije za šport izmed predlogov različnih športnih organizacij, ki delujejo v javnem interesu, od tega: a) dva člana iz občinskih športnih zvez, b) enega člana iz športnih zvez, ki niso članice Olimpijskega komiteja Slovenije – Združenja športnih zvez, c) tri člane izmed športnih organizacij, ki niso predlagane od drugih upravičenih predlagateljev. Prvo imenovanje članov sveta fundacij se opravi hkrati s sprejemom akta o ustanovitvi fundacij. Svet fundacije izvoli predsednika izmed svojih članov.