Fundacijo upravlja svet fundacije. Svet Fundacije za financiranje invalidskih in humanitarnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 23 članov, in sicer:
1. Državni zbor Republike Slovenije imenuje in razrešuje 20 članov, od tega:
- deset članov na predlog vseh reprezentativnih in drugih invalidskih organizacij, ki delujejo na državni ravni, in na predlog nacionalnega sveta invalidskih organizacij. Reprezentativne invalidske organizacije in druge invalidske organizacije, ki delujejo na državni ravni, in so povezane v nacionalni svet invalidskih organizacij, ne morejo same predlagati svojega člana. Pri imenovanju Državni zbor Republike Slovenije upošteva razmerje med včlanjenimi in ne včlanjenimi invalidskimi organizacijami v nacionalni svet invalidskih organizacij,
- enega člana na predlog Rdečega križa Slovenije,
- enega člana na predlog Slovenske Karitas,
- enega člana na predlog Gorske reševalne zveze Slovenije,
- sedem članov na predlog humanitarnih organizacij, ki so vpisane v razvid humanitarnih organizacij.
2. Vlada Republike Slovenije imenuje in razrešuje tri člane, in sicer:
- enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za zdravje,
- enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za invalidsko varstvo,
- enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za finance. Svet Fundacije za financiranje športnih organizacij v Republiki Sloveniji ima 15 članov, in sicer:
1. Državni zbor Republike Slovenije imenuje in razrešuje 14 članov, od tega:
- sedem članov na predlog Olimpijskega komiteja Slovenije – Združenja športnih zvez,
- enega člana na predlog Univerze v Ljubljani – Fakultete za šport,
- enega člana na predlog Zavoda za šport RS Planica,
- dva člana na predlog skupnosti ali združenj občin Slovenije,
- tri člane na predlog Strokovnega sveta Vlade Republike Slovenije za šport.
2. Vlada Republike Slovenije na predlog ministrstva, pristojnega za šport, imenuje in razrešuje enega člana. Prvo imenovanje članov sveta fundacij se opravi hkrati s sprejemom akta o ustanovitvi fundacij. Svet fundacije izvoli predsednika izmed svojih članov.