Potencialno škodljive lastnosti GSO je treba ugotoviti z analizo lastnosti GSO, zlasti tistih, ki so rezultat genske ali druge spremembe obstoječih lastnosti prejemnega organizma v povezavi z lastnostmi:
- ki izhajajo iz prejemnega ali starševskega organizma,
- ki izhajajo iz vključka,
- vektorja,
- izvornega organizma (če se ta v postopku uporablja) in
- novo nastalega organizma. Pri prejemnem ali starševskem organizmu se za določitev potencialno škodljivih lastnosti GSO presoja:
- narava patogenosti, virulentnosti, infektivnosti in toksičnosti ter prenašalcev bolezni,
- narava v organizmu že prisotnih vektorjev in zunanjih dejavnikov, ki bi lahko mobilizirali vneseni genski material, ter pogostost aktivacije,
- narava in stabilnost mutacije, ki onesposobi funkcijo obstoječega gena, če obstaja,
- druge predhodne genske spremembe,
- nabor gostiteljev prejemnega ali starševskega organizma, kadar gre za tak primer,
- druge pomembne fiziološke spremembe novo nastalega GSO in njihova stabilnost, kadar gre za tak primer,
- naravni habitat in geografska razširjenost,
- pomembnost njegovega vključevanja v procese, ki potekajo v okolju,
- medsebojno vplivanje in učinki na druge organizme v okolju, vključno z možnimi kompetitivnimi ali simbiotskimi lastnostmi, in
- sposobnost tvorbe struktur, ki omogočajo preživetje. Kadar gre za poskuse fuzije prokariontskih vrst, kjer vključek ni dobro okarakteriziran, se za določitev potencialno škodljivih lastnosti GSO pri izvornem organizmu presoja:
- narava patogenosti, virulentnosti in infektivnosti ter toksičnost prenašalcev bolezni,
- narava prvotnih vektorjev, kjer se ugotavlja nukleotidno zaporedje, pogostost mobilizacije in specifičnost ter prisotnost genov za odpornost na protimikrobne snovi in antibiotike,
- nabor gostiteljev izvornega organizma in
- druge pomembne fiziološke značilnosti. Pri vključku se za določitev potencialno škodljivih lastnosti GSO presoja:
- specifična identiteta in funkcija vključka,
- raven izražanja vnesenega genskega materiala,
- izvor genskega materiala, identiteta in značilnosti izvornega organizma, kadar je to primerno,
- lokacija vnosa genskega materiala in
- možnost insercijske aktivacije ali deaktivacije genov prejemnega organizma. Pri vektorju se za določitev potencialno škodljivih lastnosti GSO presoja:
- narava in izvor,
- struktura in količina kateregakoli vektorja in nukleinske kisline izvornega organizma,ki ostane v novo nastalem organizmu in
- pogostnost mobilizacije vnesenega gena in njegova sposobnost za prenos genskega materiala, če je vektor prisoten v novo nastalem organizmu.