Program monitoringa pripravi ministrstvo, pristojno za okolje (v nadaljnjem besedilu: ministrstvo) in se sestoji iz dela, ki se nanaša na imisijski in iz dela, ki se nanaša na obratovalni imisijski monitioring. Program monitoringa v delu, ki se nanaša na izvajanje imisijskega monitoringa, vsebuje predvsem:
- določitev vodnih teles ali delov vodnih teles brakičnih voda ali morja, ki so predmet monitoringa skladno z uredbo,
- določitev najvišje dopustne meje zaznavnosti, meje določanja in merilne negotovosti za posamezne parametre,
- izbor merilnega mesta ter njegovo določitev s koordinatami z natančnostjo merila 1:25.000,
- izbor načina vzorčenja,
- opis postopkov in opreme vzorčenja,
- letni načrt pogostosti vzorčenja,
- seznam analiziranih parametrov in način podajanja podatkov. Program monitoringa v delu, ki se nanaša na obratovalni imisijski monitoring vsebuje predvsem:
- navedbo zavezancev na podlagi kriterijev iz 5. člena tega pravilnika,
- določitev vplivnega območja vira onesnaževanja,
- določitev najvišje dopustne meje zaznavnosti, meje določanja in merilne negotovosti za posamezne parametre,
- izbor merilnega mesta vzorčenja in njegovo določitev s koordinatami z natančnostjo merila 1:25.000,
- opis postopkov in opreme vzorčenja,
- letni načrt pogostosti vzorčenja,
- seznam analiziranih parametrov in način podajanja podatkov.