SCE ima upravni organ, ki šteje najmanj tri člane (upravni organ). Upravni organ vodi SCE, določa temelje njene dejavnosti in nadzoruje njeno opravljanje. Upravni organ mora sklicati občni zbor vedno, kadar to zahtevajo koristi SCE. Določbe predpisov, ki določajo pravice in obveznosti upravnega odbora oziroma nadzornega odbora zadruge, se uporabljajo tudi za upravni organ SCE, če določbe tega poglavja ne urejajo pravic in obveznosti upravnega organa in izvršnih direktorjev drugače. Občni zbor lahko člana upravnega organa predčasno odpokliče pred iztekom mandata. Upravni organ mora oblikovati revizijsko komisijo v SCE: – s katere vrednostnimi papirji se trguje na organiziranem trgu ali – v kateri delavci v skladu z zakonom uveljavljajo svojo pravico do sodelovanja v organih SCE. Za revizijsko komisijo se smiselno uporabljajo določbe 29. a člena tega zakona, pri čemer so člani revizijske komisije lahko le tisti člani upravnega organa, ki niso izvršni direktorji. Upravni organ zastopa in predstavlja SCE. Člani upravnega organa zastopajo SCE skupno, če pravila SCE ne določajo drugače. Pri skupnem zastopstvu učinkuje izjava volje, dana kateremu koli članu upravnega organa, proti SCE kot celoti. Pravila SCE lahko določijo, da so za zastopanje pooblaščeni člani upravnega organa posamično ali skupaj najmanj dva člana upravnega organa ali član upravnega organa skupaj s prokuristom. Upravni organ mora sestaviti letno poročilo. Upravni organ preveri sestavljeno letno poročilo in predlog za uporabo bilančnega dobička. Upravni organ o ugotovitvah iz prejšnjega odstavka sestavi pisno poročilo za občni zbor. Če je k letnemu poročilu priloženo tudi revizorjevo poročilo, mora upravni organ v svojem poročilu zavzeti stališče do njega. V poročilu mora navesti, kako in v kakšnem obsegu je preverjal vodenje SCE med poslovnim letom. Na koncu poročila mora upravni organ navesti, ali ima po končni preveritvi še kakšne pripombe o letnem poročilu in ali letno poročilo potrjuje. Upravni organ lahko imenuje enega ali več izvršnih direktorjev. Za izvršnega direktorja je lahko imenovan tudi član upravnega organa, dokler večine članov upravnega organa ne sestavljajo izvršni direktorji. Predsednik upravnega organa SCE, ki po merilih za razvrščanje družb po velikosti ne spada med srednje ali velike SCE, ne more biti hkrati izvršni direktor. Upravni organ mora vsako imenovanje in obseg upravičenja za zastopanje izvršnega direktorja ter spremembo teh podatkov prijaviti za vpis v register. Če je za izvršnega direktorja imenovana oseba, ki ni član upravnega organa, se glede pogojev za imenovanje smiselno uporabljajo določbe 33. b člena tega zakona. Upravni organ lahko na izvršne direktorje prenese naslednje naloge: – vodenje tekočih poslov; – prijave vpisov in predložitve listin registru; – skrb za vodenje poslovnih knjig in – sestava letnega poročila, h kateremu priložijo, če ga je treba revidirati, revizorjevo poročilo in predlog za uporabo bilančnega dobička za občni zbor, ter ga nemudoma predložijo upravnemu organu. Pri opravljanju nalog morajo izvršni direktorji upoštevati navodila in omejitve, ki jim jih postavljajo občni zbor, upravni organ, pravila SCE in morebitni poslovnik o delu izvršnih direktorjev. Če je imenovanih več izvršnih direktorjev, vodijo posle skupno, če pravila SCE ali poslovnik upravnega organa ne določajo drugače. Če je imenovanih več izvršnih direktorjev, lahko sprejmejo o svojem delu poslovnik, razen če pravila SCE določajo, da tak poslovnik sprejme upravni organ ali ga je že sprejel. Upravni organ lahko kadar koli odpokliče izvršnega direktorja. Za zahtevke izvršnih direktorjev iz pogodbe o opravljanju funkcije se uporabljajo pravila, s katerimi so urejena obligacijska razmerja. Izvršni direktorji se podpisujejo tako, da firmi SCE dodajo svoj podpis s pripombo »izvršni direktor«. Če je izvršnih direktorjev več, se glede njihovega zastopanja in predstavljanja SCE smiselno uporabljajo določbe 56.ac člena tega zakona, če pravila SCE ne določajo drugače. Za dolžnost skrbnosti in odgovornost članov upravnega organa ter izvršnih direktorjev se smiselno uporablja določba 32. člena tega zakona. Pravila SCE lahko določijo: – da ima posamezni član na občnem zboru večje število glasov, ki se določi glede na članovo sodelovanje v dejavnosti SCE, vendar ne na podlagi kapitalske udeležbe, s tem, da se na tej podlagi lahko določi največ pet glasov na člana in največ 30 odstotkov vseh glasov, odvisno od tega, katera omejitev je v posameznem primeru nižja; – da ima posamezni član na občnem zboru, ki se ukvarja s finančno ali zavarovalniško dejavnostjo, večje število glasov, ki se določi glede na članovo sodelovanje v dejavnosti SCE, lahko tudi na podlagi kapitalske udeležbe, s tem, da se na tej podlagi lahko določi največ pet glasov na člana in največ 20 odstotkov vseh glasov, odvisno od tega, katera omejitev je v posameznem primeru nižja; – da ima posamezni član na občnem zboru SCE, katere člani so pretežno zadruge, več glasov na podlagi članovega sodelovanja v dejavnosti zadruge, ki se lahko ugotavlja tudi na podlagi kapitalske udeležbe ali na podlagi števila članov včlanjene zadruge. Pravila SCE lahko članom vlagateljem zagotovijo glasovalne pravice. Člani vlagatelji ne smejo imeti več kakor 25 odstotkov celotnega števila glasov. Pravila SCE lahko predvidijo, da člani volijo predstavnike v občni zbor na področnih oziroma območnih delnih zborih, če SCE opravlja različne dejavnosti, svoje dejavnosti opravlja v več kakor eni območni enoti, ima več podružnic ali šteje več kakor 500 članov. Za SCE, katere zakonske rezerve so dosegle najmanj znesek iz drugega odstavka 65. člena Uredbe 1435/2003/ES, ne velja obveznost iz 43. člena tega zakona, razen če pravila SCE drugače določajo.«.