Za spomenik velja varstveni režim, ki določa:
- ohranjanje in redno strokovno vzdrževanje kulturnih in zgodovinskih vrednot spomenika v celoti, v njegovi izvirnosti in neokrnjenosti, v notranjščini z vso originalno opremo (tudi podpisi in datumi na zidovih posameznih celic); v primeru okrnitve spomenika ali notranje opreme je treba zagotoviti povrnitev v prvotno stanje,
- podreditev vsake rabe in vseh posegov v spomenik ohranjanju, obnovi in prenovi ter vzdrževanju, skladno z varovanimi lastnostmi prostorov v obliki, legi, materialu, strukturi in barvni podobi,
- strokovno prenovo okrnjenih izvirnih prvin po izhodiščih muzejske prezentacije zgodovinske namembnosti spomenika,
- omogočanje predstavitve celote spomenika in njegovih posameznih zaščitenih elementov in dostopnost javnosti na način in v obsegu, ki ne ogroža varovanja spomenika in posameznih spomeniških lastnosti. Odlok o razglasitvi zaporniških celic na Beethovnovi 3 v Ljubljani za kulturni spomenik državnega pomena (Uradni list RS, št.
80/07) vsebuje naslednji prehodni in končno določbo: Minister za kulturo v treh mesecih po uveljavitvi tega odloka izda lastniku spomenika odločbo o varstvu na podlagi 13. člena Zakona o varstvu kulturne dediščine (Uradni list RS, št. 7/99, 110/02 – ZGO-1 in 126/03 – ZVPOPKD).