Zavod izvaja na vodah posebnega pomena naslednje naloge:
- upravljanje z ribami v vodah posebnega pomena v skladu z načrtom ter letnim programom ribiškega upravljanja, ki je sestavni del letnega programa dela zavoda,
- spremljanje stanja ribjih populacij in njihovo dinamiko, tudi z rednimi ihtiološkimi inventarizacijami,
- vzdrževanje optimalne naseljenosti domorodnih ribjih vrst,
- smukanje plemenk domorodnih ribjih vrst za repopulacijo,
- spremljanje biološke produktivnosti z rednimi biološkimi analizami,
- spremljanje glavnih parametrov kvalitete voda, ki lahko vplivajo na floro in favno,
- izvajanje raziskovalnih in strokovnih nalog,
- vodenje evidenc in poročanje v ribištvu v skladu s predpisi o sladkovodnem ribištvu,
- izdelava letnega poročila o izvajanju ribiškega upravljanja v vodah posebnega pomena, ki je sestavni del letnega poročila dela zavoda,
- izvajanje drugih strokovnih po predpisih o ohranjanju narave, zlasti v povezavi z doseganjem varstvenih ciljev Natura 2000,
- posredovanje podatkov monitoringa rib kot elementa ekološkega stanja voda ministrstvu, pristojnemu za vode, zaradi ocenjevanja ekološkega stanja voda.